Насколько я логику работы понимаю, там эта заслонка не всегда активна. Точно прикрывается на некоторое время, когда глушится мотор (тогда эта ошибка может выскочить), плюс еще какие-то моменты могут быть, когда требуется моторчик активировать.
Может, на холодном движке контакты ок - а на горячем отходят...
Здесь
http://www.touran-club.ru/f/obslugiv...voda-zaslonki/ с похожей бедой борятся, и там же можно поглядеть, как через ваг-ком ее подиагностировать. Движок такой же, как и у вас - 1.9TDI