давным-давно, была очень похожая проблема на Хонде сивик у меня.
в итоге, выяснилось, что проблема была в головке блока, через которую в систему охлаждения при определенных условиях, начинал попадать воздух, ну и получалась воздушная пробка
головку снимали, толи варили трещину, толи притирали (повело плоскость) - не помню, было ужо очень давно.